هيئة الزكاة والضريبة والجمارك في المملكة العربية السعودية مرت بعدة مراحل تطويرية منذ تأسيسها حتى الآن. يمكن تلخيص مراحل تطورها في النقاط التالية :-
 

1. التأسيس (1954-2016): تأسست الهيئة تحت مسمى "مصلحة الزكاة والدخل" في الخمسينات، وكانت مسؤولة بشكل رئيسي عن جمع الزكاة والضرائب على الدخل. في هذه المرحلة، كانت الهيئة تركز على تأسيس الأطر القانونية والإدارية الأساسية لعملها.
    

2. التطوير والتحول (2016-2021): في عام 2016، تم دمج "مصلحة الزكاة والدخل" و"الجمارك السعودية" تحت مسمى "الهيئة العامة للزكاة والدخل" و"الهيئة العامة للجمارك"، لتشكيل هيئة موحدة تحت مسمى "هيئة الزكاة والضريبة والجمارك" في 2021. في هذه المرحلة، تم توسيع نطاق المسؤوليات لتشمل الضرائب غير المباشرة مثل ضريبة القيمة المضافة، كما تم تعزيز قدرات الهيئة من خلال تطوير الأنظمة الرقمية وتحديث الإجراءات.
    

3. التحديث والتوسع (2021-الحاضر): تعمل الهيئة الآن على تحسين إجراءاتها وتعزيز الشفافية والامتثال من خلال استخدام التكنولوجيا الحديثة والأنظمة الرقمية. تتضمن جهودها الحالية تطوير خدماتها الرقمية، تحسين تجربة المستخدم، وتعزيز التنسيق مع الجهات الحكومية الأخرى لضمان تطبيق فعّال للأنظمة الضريبية والجمارك.